lunes, 29 de marzo de 2021

Un dispositivo portátil detecta con rapidez el coronavirus y sus variantes

Microbiología y Enfermedades Infecciosas
soniamoreno
Lun, 29/03/2021 - 18:00
Diagnóstico del SARS-CoV-2
Dispositivo de detección de virus NIRVANA.
Dispositivo de detección de virus NIRVANA, basado en la técnica de amplificación isotérmica de recombinasa.

Mientras la vacunación avanza (más lentamente de lo deseable), las principales armas para frenar la pandemia son las medidas de prevención e higiene y la detección precoz. La rapidez es crucial: no basta con seguir la pista al virus, hay que adelantarse a él. Para ello, se necesita poner a punto métodos rápidos, capaces de identificar las variantes del nuevo coronavirus sobre el terreno, fuera del hospital o la consulta.

A ello puede contribuir una técnica que han desarrollado científicos del Instituto Salk, en La Jolla (California), y la Universidad de Ciencia y Tecnología Rey Abdalá (KAUST), en Arabia Saudita; la prueba puede diagnosticar la infección por el patógeno de la covid-19 a partir de una muestra nasofaríngea del paciente en unos quince minutos, pero también puede identificar la presencia de otros virus, como el de la gripe, y proporcionar información sobre el tipo de variante del coronavirus. Todo ello con un sistema portátil, que permitiría utilizarlo en un control de aduanas o en un centro de día geriátrico.

La técnica se basa en la amplificación isotérmica de recombinasa, una forma de detección que, al igual que la RT-PCR (la prueba de referencia para diagnosticar la infección por el coronavirus), detecta material genético del SARS-CoV-2 en muestras de los pacientes. Pero a diferencia de la PCR, esta técnica no necesita efectuar cambios de temperatura para analizar el material genético, sino que puede hacerlo a una temperatura constante, así como sondear múltiples genes al mismo tiempo, todo ello con un conjunto de herramientas que cabe en un maletín.

La nueva técnica, bautizada como NIRVANA (“secuenciación de nanoporos de amplificación viral rápida isotérmica para análisis casi en tiempo real” es un nombre demasiado largo para la apurada vida de los científicos hoy en día), presenta sus detalles en un estudio que se publica en la revista científica Med, del grupo Cell Press. 

Detrás de su desarrollo está el equipo de Juan Carlos Izpisúa, profesor en el Laboratorio de Expresión Genética del Instituto Salk, y el de Mo Li, que tras seis años como investigador postdoctoral en el laboratorio de Izpisúa, es ahora profesor de la KAUST.

“La fortaleza de NIRVANA es que puede detectar simultáneamente el virus y a la vez  identificar sus mutaciones para detectar variantes. Nuestro método todo en uno proporciona una prometedora solución integrada para la detección rápida implementable y para la vigilancia mutacional de virus pandémicos, ya sea del actual, o de cualquier otro que pueda surgir en el futuro”, afirma a este medio Izpisúa.

Juan Carlos Izpisúa, profesor en profesor en el Laboratorio de Expresión Genética del Instituto Salk.
Juan Carlos Izpisúa, profesor en profesor en el Laboratorio de Expresión Genética del Instituto Salk.

El científico enumera como ventajas del dispositivo que puede detectar simultáneamente el SARS-CoV-2 y tres virus respiratorios coinfectantes (gripe A, adenovirus humano y coronavirus humano) y monitorear mutaciones de hasta 96 muestras en tiempo real. Para ello, analizan cinco regiones donde típicamente se acumulan mutaciones del genoma del virus que conducen a nuevas variantes, y los resultados de las casi cien muestras se obtienen en unas tres horas.

“Es un método de detección y vigilancia de virus que no requiere una infraestructura costosa como otros enfoques. Podemos lograr con una prueba portátil lo mismo que otros usando dos o tres pruebas diferentes, con diferentes máquinas", dice el profesor del Salk sobre este hallazgo, en el que también ha participado la Universidad Católica San Antonio de Murcia (UCAM).

'Point of care'

Los investigadores probaron el NIRVANA en 10 muestras positivas para SARS-CoV-2; otras 60, de estado desconocido, así como en muestras de aguas residuales municipales. En todos los casos, el dispositivo pudo identificar correctamente qué virus estaban presentes. Los datos de secuenciación también les permitieron delimitar el origen del SARS-CoV-2 en muestras positivas, al diferenciar si procedían de China o de Europa, por ejemplo.

"El diseño de este ensayo es realmente flexible, por lo que no se limita solo a los ejemplos que hemos mostrado", dice Li. "Podemos adaptarlo fácilmente para hacer frente a otros patógenos, incluso a uno nuevo y emergente".

De hecho, continúa Li, la herramienta está pensada para un uso point of care (instrumento portátil) que  permita una detección de virus rápida en colegios, aeropuertos o centros de salud; también para controlar la presencia de patógenos en las aguas residuales. El que esa traslación a la clínica diaria culmine antes o después “dependerá del interés tanto del sector  público como del privado para comercializarlo”, recuerdan estos investigadores.

Como ha ocurrido en tantos otros laboratorios en todo el mundo, la pandemia y las restricciones asociadas han afectado a las líneas de trabajo del grupo de Izpisúa, centradas en la biología del desarrollo y la medicina regenerativa. “Nuestro laboratorio en particular ha estado varios meses cerrado y ahora poco a poco empezamos a retomar la actividad”, reconoce el científico español. “No obstante, en el poco tiempo que las restricciones nos permiten, estamos tratando de ayudar y aportar nuestro granito de arena, tanto en el diagnostico como en este estudio, como con el tratamiento. En colaboración con el grupo de la doctora Estrella Núñez, en la UCAM, hemos comenzado una línea de investigación dirigida a la destrucción especifica del ARNm viral,  mediante técnicas de ingeniería genética. Si conseguimos una efectividad alta de destrucción en modelos in vivo (ya hemos comprobado que el método que hemos desarrollado  funciona con una gran efectividad en células in vitro), podría ser una herramienta muy útil para cortar de raíz la enfermedad en sus momentos iniciales e impedir la progresión a los estadios más graves”.

La técnica permite distinguir el SARS-CoV-2 de virus como la gripe, adenovirus u otros coronavirus humanos, y analizar al mismo tiempo casi cien muestras coronavirus Off Sonia Moreno Investigación Off

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