El portal inCREDBle.:así se llama la primera biblioteca en España con el ADN de casi 500 bacterias resistentes a los antibióticos. Se trata de un instrumento que puede ser muy valioso para el control de estos patógenos, ya que además de ofrecer su “foto genética”, permite conocer su sensibilidad y resistencia al antibiótico, y seguirlos por distintas zonas del país. El Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG), Roche Diagnostics y el Instituto de Investigación Biomédica de A Coruña (Inibic), son los responsables del estudio que ha dado lugar a esta base de datos y que recientemente se ha publicado en la revista Microbial Genetics.
Las bacterias resistentes a los antibióticos amenazan avances sobresalientes de la medicina y se han convertido en una preocupación para la salud pública de todo el mundo. El plan de acción contra ellas pasa por muchas medidas, como un diagnóstico temprano o evitar el abuso de antibióticos, pero uno de los objetivos que ha marcado la OMS es fortalecer la base de conocimiento y el seguimiento de estas bacterias, saber cuáles son sus cadenas de transmisión.
En las secuencias genómicas de las bacterias se encuentra la clave para conocer si podrán combatirse con ciertos antibióticos. Por ello, el estudio ha agrupado los perfiles genómicos de 461 cepas bacterianas resistentes, recogidas en 41 hospitales situados en 13 regiones diferentes de España.
El recurso más completo
El aspecto diferencial de esta biblioteca de ADN con respecto a otros proyectos internacionales es que complementa el perfil genómico de las bacterias con datos clínicos, geográficos y microbiológicos, y con otros estudios online relacionados con la resistencia antimicrobiana, lo que la convierte en el recurso más completo para estudiar las enterobacterias, una de las familias más inmunes a los antibióticos.
“No solo proporciona el genoma, sino todo el cromosoma y los plásmidos con un alto grado de exactitud. Da el perfil de sensibilidad y resistencia al antibiótico, y permite hacer un seguimiento por distintas zonas del país, puedes ver cómo se propagan de un sitio a otro”, ha significado en declaraciones a DM Germán Bou, autor del estudio, responsable del Grupo de Investigación de Microbiología del Inibic y jefe del Servicio de Microbiología del Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña.
Ha podido hacerse gracias a una nueva metodología genómica que permite obtener genomas bacterianos completos de manera mucho más rápida y a gran escala, posibilitando realizar un seguimiento rutinario de los patrones de transmisión de esta resistencia.
Según ha explicado Tyler Alioto, autor también del estudio y líder del equipo de Ensamblaje y Anotación del Genoma del CNAG, la caracterización genómica completa de las bacterias solo se puede lograr con ensamblajes completos del genoma que proporcionen el cromosoma principal, además del conjunto completo de plásmidos y su número de copias: “Para demostrar que esto se puede hacer a gran escala, secuenciamos 500 bacterias resistentes a los antibióticos con una combinación de tecnologías genómicas de última generación, como las lecturas cortas de Illumina y las lecturas largas de Oxford Nanopore Technologies (ONT) y desarrollamos un flujo de trabajo automatizado para procesar los datos”.
Con esta investigación se pretende proporcionar más información sobre los mecanismos por los cuales las especies del orden Enterobacterales adquieren o desarrollan esta resistencia a los medicamentos, así como también los mecanismos subyacentes de diseminación.
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