El estudio científico más completo sobre las variantes del coronavirus que circularon en España en la primera ola ha servido para demostrar la importancia de disponer de una metodología que permita conocer en tiempo real qué cepas son las predominantes y cómo se están comportando. En la primera ola se identificaron en España 9 variantes, de las cuales una, la SEC8, causó el 60% de los casos a pesar de no ser especialmente trasmisible. La razón de su éxito es que llegó el momento adecuado al lugar idóneo.
Así lo explica Iñaki Comas, investigador del CSIC en el Instituto de Biotecnología de Valencia,. coordinador del consorcio SeqCOVID y coautor de este estudio científico que acaba de ser publicado en Nature Genetics. Para su desarrollo se analizaron y secuenciaron 2.500 muestras de pacientes diagnosticados en España durante la primera ola de la pandemia, recogidas en 40 hospitales.
Comportamiento desigual
El equipo de investigación identificó 9 variantes del virus, dominantes en la primera ola, de las cuales la SEC8 fue la más prevalente, junto con la SEC7, procedentes ambas de un linaje del SARS-COV-2 abundante en países asiáticos en ese primer momento y que, en particular la primera, generaron un gran número de casos “mientras que no se comportaron igual en otros países del mundo”, explica Comas.
Lo que hizo diferente el comportamiento de estas variantes en España a su llegada en el mes de febrero es que “encontraron el campo libre, lo que les permitió expandirse, y además altavoces en forma de eventos de superdispersión” y que permitieron la diseminación de esta variante rápidamente por todo el país. El equipo ha podido documentar al menos dos eventos como fueron el partido de futbol de Champions League Atalanta-Valencia y un funeral en Vitoria. “Fue el azar lo que hizo que esta variante se expandiera y dominara en España en la primera ola porque estuvo en el momento adecuado en el sitio correcto”, argumenta Comas.
Ni especialmente trasmisible ni patogénica
Así, esa variante SEC8, genéticamente muy cercana a una de las cepas del virus SARS-COV-2 que apareció por primera vez en Wuhan, no resultó especialmente trasmisible ni problemática desde el punto de vista inmunológico. Fueron las circunstancias las que propiciaron su expansión.
El hecho de que las muestras analizadas en España no resultaran uniformes genéticamente y algunas fueran más parecidas a las que circulaban por otras partes del mundo “nos indica que en nuestro país no se puede hablar de un paciente 0 sino que hubo múltiples introducciones del virus, seguramente más de 500, de las cuales algunas no prosperaron pero otras sí generaron un número amplio de casos”, señala el coordinador del consorcio SeqCOVID.
El confinamiento casi eliminó todas las variantes
El estudio ahora publicado también ha servido para confirmar la eficacia del confinamiento “dado que llegó un momento en el que prácticamente se consiguieron eliminar todas las variantes”, indica Comas.
En la segunda ola también se produjo una diseminación amplia vinculada en parte a un brote de superdispersión, relacionado con el sector laboral de la fruta en Aragón, en un momento de levantamiento de restricciones y movilidad amplia entre comunidades autónomas. Esta variante 20E(EU1), identificada también en otros países de Europa, no es tampoco biológicamente muy diferente de la original de Wuhan “pero también encontró unas circunstancias favorables para su expansión”, como ya había ocurrido con la variante dominante en la primera ola.
En noviembre de 2020 la variante alfa empieza a ser la predominante en el Reino Unido y a partir de ahí en otros países y “ahora su predominancia ya no es por azar sino que ésta si es una variante de muy alta trasmisibilidad, que va desplazando a las que habían circulado a partir del verano y ello a pesar de que en España los últimos meses del año fueron una época de restricciones elevadas que dificultaron su rápida expansión”, explica el coordinador del consorcio SeqCOVID.
De contagiar a 3 a hacerlo a 7
En mayo de este año la variante que empieza a predominar es la delta, que se expande desde India y muestra una transmisibilidad aún mayor que la alfa y, sin duda, que la original de Wuhan. “Si con esta última cada persona infectada podía trasmitir el virus a otras 3, con la delta lo hace a 7, es decir, más del doble”.
La velocidad alcanzada por la campaña de vacunación explica que esta cepa, a pesar de su elevada contagiosidad, no haya provocado un número tan elevado de hospitalizaciones e ingresos en UCI como otras.
La variante delta presenta en torno a una decena de mutaciones frente a la original de Wuhan en la proteína de la espícula y que aumentan su afinidad por el receptor humano AC2, lo que le confiere una carga viral elevada y explica su trasmisibilidad, señala Comas.
Al igual que el confinamiento fue altamente efectivo para frenar la trasmisión del virus la campaña de vacunación está demostrando también su eficacia. “Estamos detectando variantes más trasmisibles pero su impacto se está atenuando con medidas de control. Y las vacunas están siendo realmente efectivas”, destaca este especialista.
Metodología de discriminación alélica
José Antonio Boga, coordinador del grupo de Microbiología Traslacional del Instituto de Investigación Sanitaria del Principado de Asturias (ISPA), llama la atención sobre la importancia de contar con una tecnología que permite conocer en tiempo real y de forma eficaz que variantes están circulando. A partir de la tecnología de secuenciación masiva, que posibilita conocer con todo detalle las diferentes variantes y subvariantes, en este centro desarrollaron una metodología de discriminación alélica que permite realizar también de forma rápida una caracterización preliminar de las variantes. “Es evidente que la secuenciación masiva permite hacer una caracterización hasta el nivel de subvariante, lo que es esencial para un estudio epidemiológico. Sin embargo, este método tiene la ventaja de poder analizar todas las muestras lo que es inviable en el caso de la secuenciación masiva dado su coste y laboriosidad”.
Con esta tecnología “se identifican los cambios más relevantes en ciertos nucleótidos que, en este caso, se encuentran en la región del genoma que codifica la proteína de la espícula , la más inmunogénica y en la que está basada las vacunas que se están suministrando”, explica este especialista.
Según el equipo de investigación del consorcio SeqCOVID, los resultados del trabajo, así como otro centrado en la segunda ola, también publicado en Nature, demuestran la necesidad de incorporar la epidemiología genómica como una herramienta más de salud pública para rastrear el virus e identificar las variantes de mayor impacto
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