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jueves, 10 de diciembre de 2020

Premio Nobel de Química 2020: ¿quién acuñó la sigla CRISPR? (I)

Fernando Navarro
Fernando Navarro
Jue, 10/12/2020 - 17:13
¿De dónde viene?
CRISPR Premio Nobel 2020
Charpentier y Doudna, Premio Nobel de Química 2020.

Hace menos de dos años, comentando aquí mismo la sigla CRISPR, dejé escrito: «Es un secreto a voces que en los próximos años el Premio Nobel de Química [...] recaerá en algunos de los “padres” del sistema CRISPR: el ilicitano Francis Martínez Mojica, por ejemplo, pero también Rodolphe Barrangou, Dana Carroll, Emmanuelle Charpentier, George Church, Jennifer A. Doudna, Philippe Horvath, Yoshizumi Ishino, Rudolf Jaenisch, J. Keith Joung, Jin-Soo Kim, Luciano Marraffini, John van der Oost, Virginijus Šikšnys y Feng Zhang, entre otros».

Como saben, la predicción ya se ha cumplido: en una ceremonia atípica porque este año el coronavirus ha impedido a los galardonados viajar a Estocolmo, la microbióloga francesa Emmanuelle Charpentier y la bioquímica estadounidense Jennifer Doudna acaban de recibir hoy mismo, en Berlín y Berkeley, respectivamente, el Premio Nobel de Química 2020. El pasado 7 de octubre, el anuncio del premio causó decepción generalizada entre la comunidad científica española, que confiaba en un trío ganador con inclusión también del microbiólogo Francis Martínez Mojica.

Ciertamente, había motivos para esperarlo. En agosto de 1993, el joven Francis, doctorando en el Departamento de Genética Molecular y Microbiología de la Universidad de Alicante, estudiaba el genoma de una arquea capaz de sobrevivir en presencia de altas concentraciones de sal ―Haloferax mediterranei, aislada en las salinas de Santa Pola― en busca de secuencias génicas que se expresaran de manera diferencial según la concentración de sal. Y en el segundo artículo que publicaba en su vida, describió, entre otras cosas, la presencia de unas secuencias repetidas en el genoma de Haloferax mediterranei.

Descritas ya tales repeticiones en bacterias tanto gramnegativas (por un grupo japonés) como grampositivas (por grupo holandés), Martínez Mojica se dio cuenta de que su presencia en arqueas halófilas (procariotas alejados de las bacterias por millones de años de evolución) no podía ser mera coincidencia: debía ser herencia de un antecesor común y desempeñar, pues, alguna función importante. A partir de ese momento, se dedicó a coleccionar y comparar secuencias repetidas parecidas en otras bacterias y arqueas.

En el año 2000, denominó a estas secuencias SRSR (del inglés short regularly spaced repeats, repeticiones cortas regularmente espaciadas), y esta sigla vino a sumarse a las muchas más creadas para ese mismo concepto en los últimos años del siglo XX y primeros del XXI: TREPs (tandem repeats, repeticiones en tándem); DRs (direct repeats); LTRR (long tandemly repeated repetitive, secuencias repetitivas largas en tándem); DVRs (direct variant repeats, repeticiones variantes directas), SRs (short repeats, repeticiones cortas), LCTR (large clusters of tandem repeats, grupos grandes de repeticiones en tándem), SPIDR (spacers interspersed direct repeats, repeticiones directas intercaladas por espaciadores).

Por motivos de claridad, y para evitar confusiones, toda la comunidad científica empezó a usar a partir del 2002 la sigla CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats, grupos de repeticiones palindrómicas cortas en intervalos regulares). El primero en hacerlo en una publicación impresa fue el microbiólogo holandés Ruud Jansen, pero la autoría indiscutida de la sigla corresponde a Francis Martínez Mojica. Fue él quien, en noviembre del 2001, propuso a sus colegas de los Países Bajos desechar las siglas SRSR del grupo español y SPIDR del grupo holandés para pasar a usar todos CRISPR. La respuesta de Ruud Jansen a Francis Martínez Mojica, enviada por correo electrónico el 21 de noviembre de 2001 a las 16:39, lo deja bien claro:

Dear Francis

What a great acronym is CRISPR.

I feel that every letter that was removed in the alternatives made it less crispy so I prefer the snappy CRISPR over SRSR and SPIDR. Also not unimportant is the fact that in MedLine CRISPR is a unique entry, which is not true for some of the other shorter acronyms.

En verano del 2003, Martínez Mojica descubre que esas misteriosas secuencias espaciadoras son fragmentos genómicos de virus bacteriófagos, que confieren a la bacteria portadora resistencia antivírica. Es el primero, pues, en describir la función natural del sistema CRISPR: forma parte del mecanismo defensivo de las bacterias y arqueas, un sistema de inmunidad adaptativa de base genética que los procariotas son capaces de transmitir a su descendencia. Su trascendental artículo, rechazado en Nature y varias revistas más, tardaría dos años en verse publicado.

Fernando A. Navarro

Emmanuelle Charpentier y Jennifer Doudna acaban de recibir esta misma tarde, en Berlín y en Berkeley, respectivamente, el Premio Nobel de Química 2020 por el desarrollo de la técnica CRISPR de reescritura genómica. ¿Quién usó por vez primera la sigla CRISPR? Off Fernando A. Navarro Off

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