CovidPhy es una herramienta bioinformática accesible que permite tanto al clínico como al investigador conocer, de manera rápida y sencilla, información relativa a las variantes genéticas del SARS-CoV-2 de la que habitualmente no disponen y que podría tener más o menos repercusión en la práctica clínica. Ha sido creada por los investigadores del IDIS (Instituto de Investigación Sanitaria de Santiago de Compostela) Antonio Salas y Federico Martinón y sus detalles acaban de publicarse en la revista Environmental Research.
La herramienta está concebida para el análisis filogeográfico de la variabilidad genética del SARS-CoV-2 y ofrece distintos tipos de estudios. Conocer la variante del SARS-CoV-2 que padece el paciente, sus mutaciones concretas y saber si ese genoma ha aparecido en otras partes del mundo, son sus principales aportaciones.
Los investigadores y las unidades hospitalarias que producen secuencias de coronavirus de pacientes con covid-19 pueden aliñarlas con el genoma de referencia de SARS-CoV-2 y obtener una clasificación automática de las secuencias en las variantes del virus conocidas, incluidas las más populares alpha, beta, gamma o delta. Otra de las capacidades más interesantes de CovidPhy es que permite buscar mutaciones o conjuntos de mutaciones (haplotipos) en una base de datos potente de genomas de más de 1.400.000 virus secuenciados.
“El profesional puede saber qué variante es y cuáles son las mutaciones, que podrían tener más o menos implicaciones en la práctica clínica”, explica Antonio Salas. En este sentido, Federico Martinón pone un ejemplo: “Saber que la mutación está en el punto específico donde las vacunas se fijan puede explicar porque una persona vacunada va mal”.
Eventos de supercontagio
Otra contribución que no es baladí tiene que ver con la dinámica del virus, como resalta Salas: “Con CovidPhy puedes investigar si el genoma ha aparecido otra parte del mundo, ya sea de manera individual o conjuntamente, ayuda a entender el virus en el contexto poblacional”.
Así, se pueden conocer cuáles son los genomas que más impacto tuvieron en los brotes que han venido surgiendo, fruto de grandes eventos de supercontagio: “Desde muy al principio de la pandemia nos dimos cuenta de que el verdadero catalizador eran los eventos de supercontagio y actualmente existe una evidencia aplastante”.
Federico Martinón resume que la idea es contar con una herramienta informática accesible que ofrezca información que habitualmente no está disponible: “El objetivo es facilitar que cualquiera, sin tener todo el equipo para realizar este tipo de análisis, llegue a esta información de modo sencillo.
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