Tras analizar casi 5.000 genomas del SRAS-CoV-2, que equivalen a 150 millones de letras genéticas, el equipo del Instituto de Investigación Sanitaria de Santiago de Compostela (IDIS) que dirigen Antonio Salas Ellacuriaga, genetista y profesor de la Facultad de Medicina de la Universidad de Santiago de Compostela (USC), y Federico Martinón Torres, jefe del Servicio de Pediatría del Hospital Clínico de Santiago de Compostela y profesor de Pediatría de la USC, ha revelado la importancia de los supercontagiadores en la transmisión del SRAS-CoV-2, figura que hasta ahora se discutía en los medios y desde un punto de vista epidemiológico.
Según Salas, "hemos detectado docenas de genomas de coronavirus que sin duda son responsables del comportamiento de los supercontagiadores y de entre un tercio y la mitad de todas las infecciones en el mundo". En algunos lugares han dado lugar a lo que los genetistas técnicamente llaman efectos fundacionales locales, que han resultado en brotes epidémicos locales o nacionales. El genetista añade que “este es un paso fundamental para comprender el proceso de propagación del virus; y será muy útil tratar de predecir y prevenir futuros brotes y pandemias, ya sea de coronavirus u otros patógenos con un potencial igualmente letal o incluso mayor".
Salas explica que “el escenario en España es algo particular en el contexto del continente; a nuestro país llegaron las primeras cepas del virus que afectaron a casi toda Europa, pero también recibimos una cepa asiática que apenas afectó a ningún otro país europeo: un supercontagioso perteneciente al linaje B3a”. Utilizando simulaciones teóricas que se alimentan de la variabilidad genómica observada en el coronavirus, el trabajo ubica con precisión el origen evolutivo más reciente de todas las cepas actuales y sugiere la posibilidad de que en la primera ola epidémica asiática pudo haber habido muchos más casos que los reportados por las autoridades.
Reconstrucción evolutiva
El análisis, que se publica como preprint en bioRxiv, aborda el estudio del genoma desde diferentes ángulos y proporciona desarrollos importantes con respecto a la variabilidad genética del coronavirus. En palabras de Antonio Salas, “teníamos claro que para comprender lo que estaba sucediendo en esta pandemia primero teníamos que hacer una reconstrucción adecuada del proceso evolutivo que dio origen al virus y sus diversas versiones actuales; un árbol filogenético que relaciona todos los genomas de manera”.
Según los autores, esta sería la primera vez que se utilizan los principios de máxima parsimonia para identificar las mutaciones específicas que dieron lugar a las diferentes cepas del virus. Según Federico Martinón, digerir toda la información que pudieron analizar y en tan poco tiempo no fue nada fácil. "Es la naturaleza multidisciplinaria de nuestro grupo y nuestra capacitación en el campo de la infectomía lo que nos ha permitido enfrentarnos a un proyecto de este tamaño".
La principal complicación del trabajo no fue la cantidad de información con la que tuvieron que lidiar, ya que este grupo está acostumbrado a manejar este volumen de datos que requiere una gran cantidad de esfuerzo bioinformático. El problema computacional proviene de la mano de otros análisis más típicos de la genética evolutiva y para los cuales lleva días obtener resultados que luego deben ser digeridos e interpretados.
Martinón afirma que "este concepto de supercontagiadores solo puede entenderse combinando estos genotipos específicos del virus con personas con características específicas, de ahí la importancia de analizar las infecciones desde todas las perspectivas, lo que llamamos infectomía". Este trabajo es parte de un proyecto mucho más ambicioso llamado XENE-COVID (www.gencovid.es), un compromiso del Hospital Clínico de Santiago en la investigación contra la Covid-19 a través de la infectomía, que integra genómica, transcriptómica, epigenómica, proteómica e inmunología. "Trabajamos gracias a la financiación europea a través de macroproyectos de colaboración, pero con más recursos podemos ir aún más rápido, ya que la búsqueda de fondos ocupa una parte importante de nuestro tiempo".
Un equipo del Instituto de Investigación Sanitaria de Santiago de Compostela estima que los supercontagiadores serían responsables de entre un tercio y la mitad de las infecciones mundiales por Covid-19. Off Redacción Microbiología y Enfermedades Infecciosas Medicina Preventiva y Salud Pública Offvia Noticias de diariomedico.... https://ift.tt/2ZpiPmF
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