“Secuenciamos en red el SARS-CoV-2 no para detectar la variante británica u otras sino para identificar las desconocidas y ver si se escapan a las vacunas y los tratamientos existentes”, explica a Diario Médico Tomàs Pumarola, jefe de Servicio de Microbiología del Hospital Universitario del Valle de Hebrón de Barcelona. Su equipo es uno de los cuatro que en Cataluña está secuenciando a toda máquina el SARS-CoV-2; el resto son los laboratorios de Bellvitge, Germans Trias y Clínic.
Para identificar cepas nuevas de este coronavirus realizan estudios filogenéticos y sus resultados los van situando en un mapa o árbol familiar, según las diferencias observadas. “Una variante puede surgir en cualquier lugar. La pregunta básica es si se acabará implementando, si acabará predominando. El éxito es para la cepa mejor adaptada”, afirma.
Pumarola recuerda que la secuenciación de virus como el de la covid-19 es una excepción, no es una línea implementada de manera habitual en los laboratorios de microbiología de los hospitales. Comenzó de la mano del sida, para ver las resistencias del VIH a los antirretrovirales. No obstante, los cuatro hospitales universitarios que en Cataluña están secuenciando el SARS-CoV-2 tienen experiencia en ello, aunque no sea una actividad rutinaria. En el Valle de Hebrón, además, acumulan experiencia en vigilancia microbiológica.
En marzo, los cuatro centros iniciaron proyectos propios con becarios y personal postdoctoral y compraron reactivos para empezar a elaborar un mapa o ‘árbol familiar’ de cómo iba evolucionando el nuevo coronavirus, también en contacto con investigadores europeos y del resto del mundo.
“Recientemente se nos ha pedido un esfuerzo suplementario desde la Generalitat de Cataluña, el Ministerio de Sanidad y la Unión Europea, lo que nos ha llevado a crear una red autonómica”, apunta. A nivel nacional, explica, la red es similar a la de vigilancia de la gripe. En Cataluña, la Agencia de Salud Pública, que coordina la labor de los 4 centros de agudos, se encarga de recoger la información y luego, como el resto de responsables de otras CCAA, la hace llegar al Ministerio de Sanidad que la centraliza y, a su vez, la comparte con la Unión Europea y la OMS.
Los cuatro centros catalanes se reparten territorialmente esta comunidad autónoma y desde hace tres semanas ya tienen un primer mapa sobre las cepas del SARS-CoV-2 circulantes en la región. Por ahora, los recursos son propios pero esperan una partida específica del ministerio para secuenciación del coronavirus. “No es una técnica sencilla ni automatizable; requiere experiencia y tiempo, al menos una semana, para tener resultados”, precisa. En el Valle de Hebrón, que como Bellvitge y Germans Trias pertenece al Instituto Catalán de la Salud, han logrado un fondo FEDER para implementar una plataforma de genómica y aumentar así su capacidad de secuenciación viral.
“Cuando sabemos que el virus cambia y que, con la presión, cambiará más, tiene más sentido si cabe la vigilancia epidemiológica”, dice el experto. “Necesitamos saber a qué ritmo cambia el virus, si se transmite aún mejor, en qué afectan sus cambios al tratamiento y la vacunación…Todo eso se puede ver con la secuencia del genoma, pero hay que diferenciar el fenotipo del genotipo, que es algo que requiere de una expertís importante pero que es asequible, aunque necesita grandes bolsas de datos”, añade.
Informa de que esas grandes bolsas de datos, o big data, hace tiempo que se demanda por parte de los microbiólogos a nivel europeo, y que sólo Gran Bretaña lo ha materializado dentro de sus fronteras, con dinero público. “Los británicos pueden estar secuenciando el 10% de casos de SARS-CoV-2 y en España podríamos estar en el 1-2%”, calcula Pumarola. Ahora ellos (los británicos) están organizando una red de genofeno (genotipo y fenotipo) para ver cómo cambia el virus y sus implicaciones.
Asevera Pumarola que, con la vigilancia, por desgracia, siempre van por detrás del SARS-CoV-2 pero la cuestión relevante es “si vamos un centímetro o diez kilómetros por detrás”.
"La pandemia es la adaptación del virus al ser humano"
Pumarola también informa de que la pandemia no es otra cosa que la adaptación del nuevo coronavirus al ser humano. Se ha visto el mismo fenómeno con otros virus, también con elevadísimo coste en vidas humanas.
La inmunización con vacunas sirve para evitar muertes y el colapso del sistema sanitario de manera mucho más rápida que la consistente en esperar a que de manera natural se produzca la inmunidad de rebaño. Donald Trump en Estados Unidos y Boris Johnson en Gran Bretaña intentaron esto último pero renunciaron rápidamente por sus consecuencias. A juicio de Pumarola, si se logra el objetivo del Gobierno central de vacunar al 70-80% de la población española antes del verano, el año que viene podría recuperarse la normalidad social y económica.
Por otro lado, sobre las diferencias entre el SARS-CoV-2 y el VIH, el VPH y el VHC indica Pumarola que las principales son el periodo de incubación y el mecanismo de transmisión. Con el nuevo coronavirus, en 24-48 horas ya hay signos clínicos de enfermedad, mientras que el VIH, el VHP y el VHC pueden tardar años en provocar síntomas y durante todo ese tiempo en ‘silencio’ se van transmitiendo por vía sexual u otras formas. El experto destaca el virus del ébola, que se trasmite también con mucha velocidad y se muestra muy virulento clínicamente pero que, al no haber asintomáticos, se puede controlar mejor que el SARS-CoV-2.
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