A Martí, un niño de 10 años, le han diagnosticado déficit de proteína GLDN, una enfermedad ultrarrara de la que solo hay registrados 4 casos en todo el mundo. No tiene tratamiento, pero saber la causa de su patología le ha aportado algo de paz a la familia y permite a los profesionales que le atienden hacer el seguimiento que necesita.
Martí destaca también porque es uno de los pocos pacientes que se han podido beneficiar para el diagnóstico preciso de su patología de una nueva plataforma de análisis genético desarrollada por investigadores del Instituto de Investigación Sant Joan de Déu (IRSJD, vinculado al hospital materno-infantil del mismo nombre, de Esplugues de Llobregat, en Barcelona) y el Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG), con sede en la capital catalana.
El 80% de las enfermedades raras y ultrarraras tienen causa genética pero con la metodología que se usa actualmente en el Sistema Nacional de Salud (SNS) no siempre es posible establecer la causa exacta (buscándola en los genes) y tampoco es rápido; la espera puede superar los 8 años en algunos casos.
Lo convencional actualmente es la secuenciación del exoma, una técnica genómica que estudia la parte del ADN que codifica proteínas, donde pueden encontrarse mutaciones asociadas a enfermedades minoritarias. Y en el caso de los no diagnosticados con ese método hay que reanalizar sus datos para volver a intentarlo aprovechando el conocimiento científico que va surgiendo constantemente en relación con genes asociados a patología infrecuentes.
El reanálisis de datos contribuye a encontrar un diagnóstico molecular en aproximadamente el 15 % de los casos no diagnosticados, pero con el nuevo análisis genético del Sant Joan de Déu y el CNAG se puede aumentar la tasa de éxito hasta nada menos que el 40%.
A partir del fenotipado exhaustivo
El estudio con esta plataforma comienza con un fenotipado exhaustivo (síntomas y resultados de múltiples pruebas como resonancia magnética, datos neurofisiológicos o de laboratorio).
Después se realizan dos técnicas ómicas complementarias: por un lado, la secuenciación del genoma en trío, que implica obtener la secuencia completa de ADN (todos los genes) del paciente y sus padres biológicos utilizando secuenciación de nueva generación, lo que permite la identificación de variantes genéticas y mutaciones. Y, por el otro, para casos específicos, se añade la secuenciación del transcriptoma (el ARN, la expresión de los genes) a partir de una biopsia, para identificar desviaciones en la composición de las moléculas de ARN (transcritos) o su expresión.
Todos los resultados obtenidos se procesan utilizando RD-Connect GPAP (Genome-Phenome Analysis Platform), una plataforma colaborativa de análisis genético desarrollada y alojada en CNAG en el marco de diferentes proyectos europeos (RD-Connect, EJPRD y Elixir) para el diagnóstico de enfermedades raras. Esta herramienta no solo compara la información obtenida de los pacientes, sino que también incluye datos de más de 30.000 individuos con enfermedades raras (pacientes y familiares).
Llegados a este punto, los investigadores de IRSJD y CNAG integran toda la información disponible para poder interpretarla combinando datos fenotípicos, genómicos y transcriptómicos que juegan un papel clave para encontrar la causa molecular. Además, en el caso del hallazgo de variantes de significado incierto en genes candidatos, el Programa de Diagnóstico y Terapia Traslacional de Sant Joan de Déu permite incrementar la tasa de diagnóstico mediante los estudios de biología funcional, celular y molecular.
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